De novo测序数据分析方案

De novo 不用任何参考序列对某个物种进行测序,上海烈冰利用生物信息学方法进行组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。


基本数据处理:图像识别,Base calling,过滤接头序列,检测可能的样品污染。
深度信息分析:基因组组装:包括原始数据统计;覆盖度基计算;组装结果统计Scaffold N50,Conting N50。
基因组注释:包括基因组组分分析、基因预测、重复序列注释、Non-coding RNA预测和假基因注基因组GC含量分析、测序深度等。
比较基因组及分子进化分析:序列同源比对,通过相邻物种的比较基因组研究进行进化分析、基因注释、功能分类等;
同源性分析:对于测得的全新物种的基因组,NBC使用比较基因组学的手段对其进行分析,与特定的已知基因组信息的物种比较,可以得到诸如染色体结构差异信息(Chromosome Structure Variation)、同源基因信息(Homolog Gene)、基因家族(Gene family)分析等
分子进化分析:使用进化生物学的手段我们也可以分析在新物种中拥有特殊功能的基因是否进化的更快或者受到更加严格的自然选择

 
关于烈冰
企业介绍
发展历程
技术实力
新闻动态
开发日志
产品服务
基因组
转录组
代谢组
微生物
生物信息
生物应用
云平台
临床检测
个体化医疗
环境检测
科学研究
测序平台
实际案例
研究成果
技术互动
合作客户
021-51827998电话:4000-651-811
邮箱:tech@novelbio.com

上海市闵行区新骏环路138号漕河泾开发区2号楼2F

加入我们|资讯平台|法律声明

版权所有@上海烈冰信息科技有限公司 2015    沪ICP备14047938号

沪公网安备 31011202001835号