DNA甲基化测序

DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶的作用下使CpG二核苷酸5"-端的胞嘧啶转变为5"-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。
DNA甲基化测序分析,通过测序和MBD2b结合的DNA片段进行富集测序,将测序得到的序列比对到参考基因组,得到甲基化区域;并分析每个甲基化区域内的GC含量,同时分析甲基化区域在基因组中的分布情况,并分析甲基化区域与特定区域,如启动子区、外显子、内含子、非翻译区的位置关系;如果有多个样品,对多个样品的甲基化区域进行差异分析。
用来搜索CpG岛的软件有:CpG Analyzer、CpGcluster、CpGFinder、CpG Island Explorer、CpG Island Searcher等。
通过DNA甲基化测序分析,得到全基因组水平上的甲基化图谱,并结合启动子信息,分析得到甲基化和转录调控的内在关联。

由于科研领域没有很好的专门针对双端测序的PeakCalling算法,Novel Bio的核心研发团队专门开发了双端测序PeakCalling算法—SIPeS,并于2010年发表于BMC Bioinformatics上。
SIPeS革命性的提出了MaxFragmentPileupValue的概念,也就是每个Peak的Summit位点位置区域reads累计叠起的层数,用这个值来衡量Peak的可信度,效果要远远好于Peak和FoldEnrichment(用peak Summit临近区域Motif的富集程度来评估算法的可信度。

 

在找到Peak后需要对Peak进行annotation注解,烈冰科技配合SIPeS开发了全套具有自主知识产权的Annotation系统,该系统经过了大量数据的检验,其结果也发表了若干文章。

 

获得Annotation仅仅是刚开始,烈冰科技对于Sequencing的数据有很多深入挖掘的思路。转录因子/甲基化位点在全基因组上的结合总是会有一些规律,除了常规的饼图外,烈冰科技还将全基因组的结构作为背景参照,进一步说明问题。下图是某转录因子定位在基因结构上的分析

 

 

上海烈冰DNA甲基化测序分析的服务项目:

DNA甲基化测序分析(MeDIP-Seq)
深入分析
MeDIP-seq序列与参考序列比对
统计MeDIP-seq序列数据在全基因组的分布趋势
Peak区域搜索
Peak区域的基因组定位
Peak相关基因的GO分类和KEGG分析
不同样品Peak区域的差异分析
生物信息学专家与用户讨论解析分析结果
定制分析
客户自定义图表
项目个性化分析服务

 


 

DNA甲基化测序(Bisulfite-Seq)

扩展分析
Bisulfite-seq序列与参考序列比对
Bisulfite-seq序列比对的甲基化相关信息概况
全基因组甲基化率统计
全基因组甲基化水平分析(需reference或指定参考数据文件来源)
不同基因组区域的甲基化信息分析
不同样品的甲基化差异区域的比较分析
生物信息学专家与用户讨论解析分析结果
定制分析
客户自定义图表
项目个性化分析服务


 
 
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