甲基化芯片分析方案

甲基化芯片是在基因组层面来研究基因的过甲基化和去甲基化水平。使用CHARM算法或MEDME算法计算出实验组与对照之间的差异甲基化位点,并在基因组层面定位出差异甲基化位点对应的基因及位置。对差异甲基化位点对应基因进行显著性功能和信号转导通路分析。还可以将出现在显著性功能和信号转导通路中的差异基因之间的调控关系整理成网络,找出信号转导节点的核心调控基因。

 

 

1、使用CHARM算法或MEDME算法计算出实验组与对照之间的差异甲基化位点,并在基因组层面定位出差异甲基化位点对应的基因及位置。
2、将NCBI、Swissport/Uniport、AmiGO等数据库整合去冗余,对实验组与对照组的差异甲基化位点对应基因进行显著性功能分析,得出被高甲基化或去甲基化基因所显著影响的功能。
3、将KEGG、Biocarta、Reactome等数据库整合去冗余,对实验组与对照组间的差异甲基化位点对应基因显著性信号转导通路分析,得出被高甲基化或去甲基化基因所显著分布的信号转导通路。
4、以显著性GO和显著性Pathway所包含的差异甲基化基因为研究对象,构建基因间的相互作用关系网络,从而得到差异甲基化基因构成的信号转导流程以及在差异甲基化位点对应基因中的核心调控基因。

 


 

甲基化芯片深入数据分析

1.差异化甲基化位点相关上下游基因的信号通路与生物途径分析
2.差异化甲基化位点相关上下游基因的生物功能本体注释
3.DNA甲基化差异位点邻近启动子区调控motif的识别
4.DNA甲基化趋势在TTS邻近区域的分布特征
5.DNA甲基化趋势在基因组染色体上的整体分布特征
6.根据客户需要提供的个性化分析


 
 
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