数据分析

科研领域没有针对双端测序的PeakCalling算法,为此,Novel Bio的核心研发团队开发了双端测序PeakCalling算法—SIPeS,并于2010年发表于BMC Bioinformatics。

SIPeS革命性地提出了MaxFragmentPileupValue的概念,即每个Peak的Summit位点位置区域reads累计叠起的层数,用这个值来衡量Peak的可信度,效果要远远好于Peak和FoldEnrichment(用peak Summit临近区域Motif的富集程度来评估算法的可信度)。
在找到Peak后需要对Peak进行annotation注解,烈冰科技配合SIPeS开发了全套具有自主知识产权的Annotation系统,该系统已经过大量数据的检验,也发表了若干文章。
获得Annotation仅仅是个开始,烈冰科技对于Sequencing的数据有很多深入挖掘的思路。转录因子/甲基化位点在全基因组上的结合呈现一定的规律,除了常规的饼图外,烈冰科技还将全基因组的结构作为背景参照,以此进一步说明问题。下图是某转录因子定位在基因结构上的分析。

上海烈冰DNA甲基化测序分析的服务项目

DNA甲基化测序分析(MeDIP-Seq)
1. 测序基本结果分析
包括序列信息读取,测序数据质量好坏分析,序列的长度信息。
2. MeDIP-seq序列与参考序列比对
测序序列定位到参考基因组(Reference Genome)上,基于最大似然法分析(Most Likelihood)或者贝叶斯(Bayesian)概率分析,得到序列最有可能定位到基因组上的位置。
3. 统计MeDIP-seq序列数据在全基因组的分布趋势
基于基因组比对结果得到全基因组范围内的甲基化情况分布。
4. Peak区域搜索/ MeDIP Sequencing序列富集区域扫描及其分布
基于基因组比对结果得到在不同额基因组位置上的甲基化富集情况
5. 功能分析(Gene Ontology)
基于基因的注释情况,烈冰生物整合了AmiGO,NCBI,Swissprot/Uniprot等不同的数据库的注释信息,基于Fisher精确检验得到,差异基因在功能中的富集情况,让研究者将数据分析结果和研究的研究方向结合起来。
6. 信号通路分析(Pathway)
基于基因的注释情况,烈冰生物整合了KEGG,Biocarta等不同的数据库的注释信息,基于Fisher精确检验得到,差异基因在功能中的富集情况,让研究者将数据分析结果和研究的研究方向结合起来。
7. 定制化分析
 

 

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