Ion Ampli-Seq革新技术

Ampli-Seq是什么?
  

    如今IlluminaHiSeq占据半壁江山,IonTorrent的IonProton™系统也是风生水起,那Ampli-Seq到底又是什么呢?Ampli-Seq是一种基于Life Technologies公司最尖端的超高重多重PCR技术的测序技术。现有的靶向富集方法耗时而复杂,通常需要大量的初始DNA。而转化和临床研究需要更加快速的方法,且能胜任一些富有挑战性的研究样品,如福尔马林固定、石蜡包埋的组织(FFPE)。横空出世的AmpliSeq技术,正是突破了多重PCR的已知障碍,推出了具有开创性的流程,实现了数百个已知突变的快速测序及低频率等位基因的检测。利用少量的初始DNA和一管式的流程,简单便捷地完成实验。同时结合烈冰科技自主研发的分析平台,能在一天内完成实验和分析流程。

 

需要提供多少样本?  

 Ampli-Seq能够全面覆盖人类基因,拥有媲美Taqman探针的检测精度,并且只需要极低的样本输入量,低至500pg高质量RNA,甚至是FFPE石蜡样本,仅需10ng,依然可以准确地检测基因表达,并且和新鲜样本的一致性高达0.93,更何况胚胎细胞等极微量的组织细胞样本了。

 

Why Ampli-Seq?

  既然IlluminaHiSeq和Ion Proton有如此多的应用,为什么我还要选择Ampli-Seq呢? 让我们来看看Ampli-Seq优势:

  • *适用范围广:靶向捕获测序技术提出之初,就宣称 “Sequencing for All!”,可检测外显子组和转录组,各种突变毫无压力。
  • *样本起始量低:仅需500pg高质量RNA,就算是再珍贵的样品(胚胎细胞等等)也完全hold住!甚至面对降解到75bp的DNA也毫无压力。
  • *可检测石蜡样本:再也不用担心珍贵的石蜡样本不能检测,仅需10ng,并且和新鲜样本的一致性系数高达0.93。
  • *灵敏度高:Ampli-Seq相对于昂飞U133A+2芯片有更佳的检测灵敏度,能多测得65%的基因。
  • *精度高:Ampli-Seq针对同一样本具有和qPCR更为接近的检测精度,比传统的基因芯片在定量上更为准确,可验证率极高。
 

烈冰专属Ampli-Seq测序分析流程

  烈冰专属设计的Ampli-Seq测序分析流程,从低至500pg的微量样本出发,通过高精度扩增后上机测序,再交由烈冰进行深入分析和定制化分析,充分挖掘数据意义。依托这套专属的烈冰Ampli-Seq测序分析流程,您可以充分解读样本的生物学意义,了解癌症石蜡样本的基因表达与癌症发展、癌症预后的关联。了解胚胎样本和胚胎发育的关联性,寻找到其中的核心调控基因和调控机制!

 

Ampli-Seq应用实例

案例1:Chong IY,et al. The genomic landscape of oesophagogastric junctional adenocarcinoma. J Pathol.2013 Nov;231(3):301-10.

  在该篇文章中作者对肿瘤样本的DNA外显子进行测序,结果显示Ion Proton与Hiseq 2000平台测序结果一致性很高,并且与一代Sanger测序验证结果一致。研究针对来自八例肿瘤样本及相匹配的种系DNA中的外显子组进行大规模平行DNA测序。一共鉴定出117个突变编码基因,这些基因被预测在多于一例肿瘤中存在。其中67个检测到了潜在的致病编码突变,包括在CR2、HGF、FGFR4和ESRRB基因中的突变。



食管胃交界肿瘤样本中的突变情况

  在较大的食管胃交界样本中,可以看到TP 53、SYNE 1和ARID1A是出现频率最高的突变基因。该研究提供了食管胃交界腺瘤的突变全景图相关信息,确证了食管胃交界是一类具有高度变异性和异质性的疾病。另外,还揭示了一些治疗相关基因中的体细胞突变,它们可能成为筛选药物靶点的候选基因。



一些高频突变的代表   

案例2:Noah A,et al. Activating FGFR2–RAS–BRAF Mutationsin Ameloblastoma.Clin Cancer Res. 2014 Nov 1;20(21):5517-26.

  研究针对84例成釉细胞瘤和40例非牙源性成釉细胞瘤进行Ampli-Seq测序分析和Sanger验证,期望找到该肿瘤的致病突变,并联系MAPK信号通路找到其临床和生物学功能意义。

实验设计流程图

  实验发现,88%的样本中含有RAS–BRAF和FGFR2突变。同样也发现了SMO, CTNNB1, PIK3CA和SMARCB1等突变。在这其中,BRAFV600E是最常见的突变,在62%的成釉细胞瘤样本中都有发现。并通过体外实验进一步证明,增殖和MAPK信号通路的激活,受到BRAF的抑制。  



突变频率统计

 

B-Raf抑制的体外验证

 

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