[置顶] NovelBio自主研发的差异可变剪切软件ASD升级到1.2版本!

日期:2015-10-12 14:10:33
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NovelBio生物信息研发团队与中科院合作,展开了基于高通量转录组测序(RNA-seq)技术结合生物信息分析,首次揭示了选择性剪接蛋白SRSF10在细胞内调节的靶底物以及其调控mRNA选择性剪接的机制。NovelBio差异可变剪接ASD的软件文章发表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》杂志上。现在差异可变剪切软件ASD升级到1.2版本,新版本修复bug并优化转录本重建过程,可以支持NCBIGff3文件下载。

Alternative Splicing Detector:ASD 网址:http://erp.novelbio.com/ASD/

              

 

   图1  ASD的软件文章发表于2014年的《Nucleic Acids Reseach    

                          

     

 

  2  ASD软件V1.2

 

随着二代测序技术的飞速发展,测序已成为研究基因组和转录组的重要手段之一。高通量转录组测序技(RNA-seq)可用于检测基因表达差异、融合基因、未知或稀有转录本、以及mRNA选择性剪接等研究领域。

SRSF10是经典的SR蛋白家族成员之一,已有研究表明,SRSF10在体外是一个序列特异性的剪接激活蛋白,但是其在体内的剪接调控靶点及作用机制,目前仍不清楚。上海烈冰生物信息研发团队等利用RNA-seq技术,并结合自主研发的选择性剪接java软件(软件名称:Alternative Splicing Detector:ASD 网址:http://erp.novelbio.com/ASD/),在鸡细胞系DT40中,寻找受SRSF10调节的体内剪接底物。

研究发现,SRSF10同时具有增强外显子接入和抑制外显子接入的双重功能:Motif分析发现,外显子的接入与否与SRSF10的结合位点在调控外显子上的分布有关。进一步研究表明:SRSF10所调控的剪接事件多为应激或凋亡相关的基因。SRSF10敲除DT40细胞对内质网应激诱导的凋亡更为敏感,提示其可能通过调节应激相关基因的选择性剪接,控制着内质网应急下的细胞存活能力。

该研究加深了人们对于SRSF10在体内调节的剪接网络和机制的理解,为深入研究SRSF10在细胞存活能力中的作用和机制提供了新线索。差异可变剪接软件-ASD利用Spring MVC+ Spring Framwork + ibatis的整合开发框架,重新优化构建剪接算法,利用超几何数学模型提高8类可变剪接类型的验证率(文章中的验证率达到70%以上)。ASD软件的发表意味着NovelBio从专业的生物信息转向定制化的软件算法开发,利用NovelBio专业的生物信息经验建立高通量领域的品牌力量。

3  ASD软件图示

 

4  ASD软件图示

5  ASD软件图示 

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