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定制化科研服务——交给烈冰,做您所想 时间:2017-12-27

烈冰科技创始至今,每一个项目围绕客户需求展开,定制最适合的方案,只要您有需要,烈冰就为您出力。我们竭尽全力让每一个信任我们的客户满意,并花费大量人力、物力和时间。烈冰拥有一支具有国际一流水平的生物信息分析团队,旨在高效率提供标准流程化的生物信息分析,同时根据不同的项目需求,提供定制化的深度数据挖掘服务。当然除了数据分析外,烈冰的团队也可以为研究者的课题做出严谨的建议。烈小冰觉得,比起所谓的价格优势,时间优势,物超所值或者至少物有所值才是更重要的,这也是烈冰的服务宗旨,以客户为根本,提高客户幸福感。

网络图太难、种类太多难以选择?烈冰帮你搞定

基因互作网络

研究中,常常会发现差异基因过多,并且所属信号通路也很复杂,难以将相关基因联系起来并找到“核心”基因。烈冰团队整合基因间相互作用关系,并采用网络图展示差异基因间复杂的互作网络/信号传递网络,帮助研究者快速定位到“核心”基因。

Sun L et al., Sci Rep, 2016

共表达网络

对于已知注释信息进入深入的分析挖掘之后,研究者往往希望能够找到更多的创新点。烈冰团队基于转录组基因的实测表达值,为研究者构建基于统计学和“图论”原理的共表达网络,通过研究处理前后共表达网络拓扑结构变化,了解基因间的潜在关系和规律,进一步找到实验处理前后发生改变的关键基因进行深入研究。

Zhang et al., Arch Toxicol, 2013

GO-Tree分析

在得到差异基因及其显著富集的GO功能条目后,烈冰团队为研究者构建并提供GO-Tree功能树,通过该分析,研究者可以清晰的总结研究的核心基因所影响的生物学过程。

Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015

可变剪接验证率太低很苦恼?烈冰帮你搞定

烈冰团队早在2014年即自主研发了高验证率可变剪接算法ASD (Alternative Splicing Detector,网址:http://www.novelbio.com/asd/ASD.html),该算法发布后即被大量文献引用,其中不乏Nature Communications、PloS Genetics 等高分期刊。17年烈冰研发总监宗杰博士率生物信息研发团队开发的“进阶级”可变剪接分析算法CASH(Comprehensive AS Hunting,网址:https://sourceforge.net/projects/cash-program/),无论在有生物学重复还是无生物学重复样本中,CASH都显著提升了样本之间差异可变剪接事件的检测能力,尤其是新的可变剪接事件,验证准确率高达70%!在针对不同测序深度数据的测试中,CASH始终表现出优于其他算法的检测率。即使是在低数据量下,CASH依旧力压其他算法,始终维持着极高的敏感性及特异性。

CASH算法检测效率验证

烈冰团队利用Flux模拟器模拟了一系列数据,其中包含已有注释的以及新的差异可变剪接事件,测序深度分为30x,50x和100x。结果显示MISO,rMATS以及DEXSeq在使用重建后转录本的情况下,其检测效率要高于使用参考基因组,但还是显著低于CASH。即使是在30x的数据量下,CASH依旧能够维持着极高的敏感性及特异性。

Wu et al., Brief Bioinform, 2017


烈冰团队一研究不够深入?烈冰帮你搞定

ceRNA分析

lncRNA可作为ceRNA(competing endogenous RNA,竞争性内源RNA)与miRNA相互作用,参与靶基因的表达调控,并在多种疾病(例如很多学者研究的肿瘤)的发生发展中发挥重要作用。烈冰团队整合多种算法,协助研究者完成lncRNA-miRNA-mRNA互作网络图,直观的展示这三者之间的调控关系。

Miao et al., Sci Rep, 2016

circRNA也可以作为ceRNA(competing endogenous RNA,竞争性内源RNA)与miRNA结合,影响基因的调控表达。烈冰团队协助研究者对其进行分析,从而进一步研究circRNA对基因表达的调控作用。

Huang et al., Nat Commun, 2016

甲基化-mRNA联合分析

基因启动子区甲基化能影响基因表达,可变剪接位点甲基化影响基因可变剪接发生,转座子区甲基化影响转座子活动,种种因素使得很多研究者对甲基化和转录组的联合分析很感兴趣,烈冰的生信团队会根据项目情况,设计最合适的研究切入点,协助研究者找到关键基因。

Spencer DH et al., Cell, 2017

小RNA和甲基化相关性分析

小RNA和甲基化之间的联系也相当紧密,如小RNA产生位点基因启动子区DNA甲基化影响小RNA表达,小RNA通过调控甲基转移酶影响基因甲基化水平等,烈冰团队会根据客户实际研究,设计最佳生信分析方案。

Coruh et al., Plant Cell, 2015

样本过于复杂难以下手分析?烈冰帮你搞定

WGCNA功能预测

WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,加权基因共表达网络)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。烈冰团队协助研究者利用WGCNA进行功能预测,根据基因表达模式,将基因进行分组。例如在circRNA的功能研究中,可以根据“凡是能够互相形成共表达关系并且成簇的基因,具有类似的功能”,认为circRNA和它所属簇中mRNA具有类似的功能,并且可以通过mRNA所富集功能和信号通路对circRNA对于表型的影响进行预测。

Wang et al., Frontiers in plant science, 2017

烈小冰介绍得比较粗略,也不够全面,要是感兴趣,可以直接联系我们的销售详细咨询,您专属的方案咨询顾问会为您设计定制化方案。

烈冰服务流程

其实,说到定制化,烈小冰要再为大家推荐烈冰团队耗时8年开发的NovelBrain®云计算平台。该平台是国际唯一实现高度定制化分析的云计算平台,烈冰科技充分考虑到了生物信息大数据分析的复杂性和特殊性,NovelBrain®云计算系统不仅能新建或修改工作流,而且能在分析运行前、运行中、运行后均可任意修改和运行分析流程,并保证分析过程可追溯和可重现,真正实现生物大数据分析的高度定制化。

烈冰的服务没有太多华丽的噱头和频繁促销,我们把所有的精力都投入到了精益求精中,给客户更优质的服务。您有需求,烈冰帮您完成,以客户为根本,提高客户幸福感,烈冰一直都是这样坚持的,以后也会继续坚持。如果您有任何关于实验或生信的想法和需求,请直接与当地销售或拨打021-51827998与我们联系,烈小冰竭诚恭候。