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为什么使用lncRNA测序?

Long non-coding RNA(长链非编码RNA,lncRNA)长度大于200nt,是一种缺乏开放阅读编码框的非编码RNA,主要分布在细胞核和细胞质中。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式,具有跨物种的低保守性,组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA,保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本,而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。近年来,越要越多的研究表明,lncRNA广泛地参与基因表达的调控(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等),在细胞的增值、分化、凋亡以及肿瘤的发生、发展中发挥重要作用。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点,借助高通量测序,研究人员能够对 lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。

为什么选择烈冰科技?

  • 不仅能定量分析已知的lncRNA,还能通过Stringtie重建转录本预测新的lncRNA;
  • 整合并定时升级国际公认数据库(如NP Inter等),确保后期分析紧跟国际最前沿;
  • 结合NovelBio多个分析模块,深度挖掘lncRNA与蛋白质、mRNA、miRNA、TF等之间的关系;
  • 结合NovelBio多年的生物信息分析体系以及目前国际上lncRNA相关的高分文献分析思路,根据客户研究方向,针对不同的生物学问题设计定制化的方案。

1、 定量表达lncRNA,找出关键lncRNA;


2、 lncRNA在基因上的对应位置分析;


3、预测新的lncRNA,定量表达分析其动能;


4、结合其他组学(mRNA、miRNA、蛋白质等)数据,深入挖掘生物学意义

1、lncRNA与癌症(lncRNA在癌症中显示出多种生物学功能:包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期、对miRNA的调控、参与信号转导通路和介导激素导致的癌症等。通过高通量测序,研究者可以研究lncRNA的调控网络和生物功能,探究发病原理,研究抗癌药物等)


2、lncRNA与代谢及心脑血管疾病(心脑血管疾病以及相关的代谢疾病是一类严重威胁现代人身体健康的疾病,很多研究表明lncRNA与心血管疾病有着密切联系。利用细胞、血管、血浆等临床常见样本,通过高通量测序,研究者可以分析lncRNA的来源、分类、作用机制等)


3、lncRNA与生殖、发育、再生(lncRNA广泛参与生物体的生长发育、生殖健康、组织再生等基本生物学过程。通过高通量测序,研究者可以深入探讨生物生长发育等过程中的lncRNA表达变化,并进一步揭示lncRNA的重要功能。)


4、lncRNA与药物(药物相关的lncRNA研究是一类极为重要、具有重大应用价值的研究方向。利用高通量测序,研究者可以对药物的药理、毒理、成瘾性、安全评估等方面进行系统而全面的分析)

1. 组织样品


动物组织:≥30mg


植物组织:≥50mg


细胞培养:≥2x10^5个


全血:≥5ml


菌体:≥2x10^5个或≥30mg


2. RNA样品


1)去蛋白并进行Dnase处理后的完整无污染总RNA:总


量≥5μg,浓度≥ 200ng/μL;


2)OD260/280介于1.8~2.2之间,OD260/230≥2.0,


RIN≥7,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解;



3)送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;


4)样品保存期间切忌反复冻融;


5)送样时请使用干冰运输。


3. 不同样品之间存在差异,详情请向烈冰咨询

实验流程

数据分析流程

文献示例

1. Sun D,et al.LncRNA GAS5 inhibits microglial M2 polarization and exacerbates demyelination. EMBO Rep. 2017 Oct;18(10):1801-1816. (IF=8.568)
LncRNA GAS5抑制小胶质细胞的M2极化,并加剧脱髓鞘

2. Zhang E, et al. H3K27 acetylation activated-long non-coding RNA CCAT1 affects cell proliferation and migration by regulating SPRY4 and HOXB13 expression in esophageal squamous cell carcinoma. Nucleic Acids Res.  2017 Apr 7;45(6):3086-3101.. (IF=10.162)
H3K27乙酰化激活的lncRNA CCAT1通过调控食管鳞状细胞癌中SPRY4和HOXB13的表达来影响细胞增殖和迁移

3. Xu C, et al. Long non-coding rna gas5 control human embryonic stem cell self renewal by maintaining nodal signaling. Nat Commun. 2016 Nov 4;7:13287. (IF=12.124)
lncRNA gas5通过维持节点信号控制人胚胎干细胞自我更新


4. Xu T, et al. SP1-induced upregulation ofthe long noncoding RNA TINCR regulates cell proliferation and apoptosis byaffecting KLF2 mRNA stability in gastric cancer. Oncogene. 2015 Nov 5;34(45):5648-61. (IF=8.459)
SP1诱导的lncRNA TINCR上调,通过影响胃癌KLF2 mRNA稳定性来调节细胞增殖和凋亡


5. Yang F, et al. Long Noncoding RNA High Expression in Hepatocellular Carcinoma Facilitates Tumor Growth Through Enhancer of Zeste Homolog 2 in Humans. Hepatology. 2011 Nov;54(5):1679-89. (IF=12.003)
长链非编码RNA在肝癌中的高表达通过体内Zeste Homolog 2的增强促进肿瘤生长