服务热线400-065-1811
当前位置:首页 > 基因测序 > circRNA测序

为什么使用circRNA测序?

环状RNA(circular RNA,circRNA)不同于传统线性RNA,它是一类具有特殊环形结构的非编码RNA,在基因表达调控中起着重要作用,是临床诊断和治疗疾病的重要手段。近几年的研究表明,circRNA在生物的生长发育、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。circRNA在肿瘤领域的研究非常热门,已有研究表明circRNA与白血病、恶性胶质瘤、胃癌、肝癌等疾病的发生、发展密切关联。

为什么选择烈冰科技?

  • 应用范围广,可以检测几乎任何动植物的circRNA
  • 高深度覆盖,可以检测到低丰度的稀有circRNA
  • 强大的生物信息学团队,提供新circRNA鉴定、circRNA功能预测、circRNA分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告
  • 结合NovelBio多年的生物信息分析体系以及目前国际上circRNA相关的高分文献分析思路,根据客户研究方向,联合其他组学内容(miRNA、mRNA等),针对不同的生物学问题设计定制化的方案。

1、定量表达circRNA,找出关键circRNA;


2、组间共有特有差异circRNA可视化;


3、 鉴定新的circRNA,定量表达分析其动能;


4、 结合其他组学(mRNA、miRNA、蛋白质等)数据,深入挖掘生物学意义

1、circRNA与肿瘤(circRNA与白血病、恶性胶质瘤、胃癌、肝癌等疾病的发生、发展密切关联,通过高通量测序研究相关circRNA的作用机制等)


2、circRNA与细胞周期(circRNA与细胞周期进程、细胞衰老密切相关,通过高通量测序,研究circRNA对细胞周期和增殖能力影响的机理和调节机制等)


3、circRNA与疾病(阿兹海默症、糖尿病、骨关节炎、病毒性肝炎、动脉硬化性血管病等疾病都与circRNA密切相关,通过高通量测序研究circRNA在这些疾病发生中的作用机理、作为分子标记物的诊断价值及在疾病治疗中的作用等)


4、circRNA与标志物(circRNA是封闭环形结构,耐受核酸外切酶降解,比线性mRNA更加稳定。外泌体携带有蛋白、mRNA和microRNA等,可以作为疾病诊断的生物标志物)

1. 组织样品


动物组织:≥30mg


植物组织:≥50mg


细胞培养:≥2x10^5个


全血:≥5ml


菌体:≥2x10^5个或≥30mg


2. RNA样品


1)去蛋白并进行Dnase处理后的完整无污染总RNA:总


量≥2μg,浓度≥ 200ng/μL;

2)OD260/280介于1.8~2.2之间,OD260/230≥2.0,


RIN≥7,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解;


3)送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;


4)样品保存期间切忌反复冻融;


5)送样时请使用干冰运输。


3. 不同样品之间存在差异,详情请向烈冰咨询

实验流程

数据分析流程

文献示例

1. Zheng Q, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nat Commun. 2016 Apr 6;7:11215. (IF=11.47)
环状RNA分析发现大量circHIPK3通过结合众多miRNA来调节细胞生长

2. Liu Q, et al. Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 ‘Sponge’ in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016 Mar 2;6:22572. (IF=5.578)
与软骨细胞ECM相关的环状RNA在人软骨退化中作为MiR-136的'海绵体'来调节MMP13的表达

3. Lai, Z.Y. et al. Analysis of co-expression networks for circularRNAs and mRNAs reveals that circular RNAshsa_circ_0047905, hsa_circ_0138960 and hascircRNA7690-15 are candidate oncogenes in gastriccancer. Cell Cycle. 2017 Oct 5:1-11. (IF=3.53)
环状RNA和mRNA的共表达网络的分析揭示了环状RNA hsa_circ_0047905,hsa_circ_0138960和hascircRNA7690-15是胃癌中的候选癌基因