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为什么使用ChIP-Seq测序?

ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

为什么选择烈冰科技?

  • 定制化分析策略:根据不同测序方案和测序目标,定制化选择比对算法、Peak Calling算法以及注释用数据库区域信息;
  • 强大的自研能力:拥有已发表的自主开发Peak Calling算法(Wang et al., BMC Bioinformatics, 2010)和定位注释系统以及一系列下游分析工具;
  • 全面的数据库整合:不断更新基因组数据库并进行多数据库多版本整合,获得最准确的Peak定位信息与注释;
  • 强大的组学联合分析能力:将ChIP-Seq与甲基化测序、转录组测序以及全基因组测序等技术进行结合,将单一的蛋白结合数据更进一步拓展。

1、判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;


2、检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;


3、研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;


4、CTCF转录因子研究。

1、疾病的表观遗传学机制研究:ChIP-Seq技术被广泛应用在组蛋白修饰、特定转录因子调控作用等表观遗传学的研究,使人们对疾病病理机制的研究深入至基因异常表达的源头。


2、胚胎分化机制研究:研究胚胎发育进程中的转录因子调控及其相关网络,是全面揭示胚胎分化机制需要阐明的首要问题。ChIP-Seq技术凭借其对DNA分子序列及丰度的双重解析能力,已广泛应用于转录因子分子调控机制方面的研究。


3、农作物抗逆研究:自然环境中各种生物和非生物胁迫是影响作物产量的巨大威胁,通过ChIP-Seq技术可以研究转录因子基因家族在植物抗你反应中的作用,为作物遗传育种提供新启示。


4、植物分生组织维持机制研究:植物分生组织对植物组织和器官的形成是必要的。转录因子在植物的生长阶段发挥多重作用,并会影响茎端分生组织决定和花分生组织的形成和维持,ChIP-Seq可从转录因子结合层面对其潜在机制进行剖析。

前期免疫共沉淀(ChIP)实验需客户自主完成,烈冰提供测序和数据分析服务。


ChIP DNA样品要求:


DNA总量≥20ng,浓度≥1ng/μL(Qubit检测),体积要求20-100μL;


OD260/280介于1.8-2.0之间;


Agilent 2200质检合格,DNA样本主峰范围在100-500bp;


电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;


送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;


样品保存期间切忌反复冻融;


送样时请使用干冰运输。

实验流程

数据分析流程

文献示例

1. Gao Y, et al. Single Cas9 nickase induced generation of NRAMP1 knockin cattle with reduced offtarget effects. Genome Biol. 2017 Feb 1;18(1):13. (IF=9.202)


2. Liu, L. et al. FH535 , a β-catenin pathway inhibitor , represses pancreatic cancer xenograft growth and angiogenesis. Oncotarget. 2016 Jul 26;7(30):47145-47162.  (IF=5.68)

3. Thomas A, et al. Hepatocyte Nuclear Factor 4 Alpha and Farnesoid X Receptor Co-regulates Gene Transcription in Mouse Livers on a Genome-Wide Scale. Pharm Res. 2013 Sep;30(9):2188-98. (IF=3.952)

4. Wang C, et al. An effective approach for identification of in vivo protein-DNA binding sites from paired-end ChIP-Seq data. BMC Bioinformatics. 2010 Feb 9;11:81. (IF=3.024)