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为什么使用全基因组甲基化测序?

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)作为甲基化测序的“金标准”,以高通量测序平台为基础,结合重亚硫酸盐(Bisulfite,BS)处理和生物信息数据分析,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行全面、高效、高准确度的甲基化研究,从而构建单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化水平图谱。

为什么选择烈冰科技?

  • 实验流程最优化:建库具有链特异性、起始DNA少、GC偏好性弱、基因组覆盖度高等特点,实验各方面指标达到最优;
  • 精心挑选专业分析工具:全面整合被CNS级别文章广泛选用的Bismark、MethylKit等专业甲基化数据分析工具,并进行优化;
  • 专业可靠的数据分析:拒绝默认参数,通过预分析选择最佳的数据分析参数和策略,优化数据的比对率和可靠性,对甲基化信息进行全面注释和统计分析;
  • 甲基化分析可定制: 烈冰专业技术团队可提供个性化的实验方案设计,以及多组学联合分析,如甲基化与转录组的联合分析等,助力提高科研成果发表水平。

(1)基因组整体甲基化水平在不同样本中的差异


(2)组织特异性DMR在不同组织样本中的甲基化差异


(3)启动子、增强子等调控序列的甲基化对基因表达的影响


(4)筛选出癌症等疾病组织中甲基化水平异常改变的位点

(1)植物逆境胁迫研究:植物中DNA甲基化受环境影响较大,在盐、重金属污染、干旱、低温、病原物侵染等逆境条件下,DNA甲基化的程度和状态可调控植物的逆境响应。


(2)动植物生长发育和衰老研究:在动植物的不同发育阶段,DNA甲基化的水平和类型均具有一定特异性,而且是动态可逆变化的。WGBS可在表观遗传层面。辅助研究动植物生长发育和衰老的分子机理。


(3)肿瘤等疾病生物标记物研究:DNA甲基化在肿瘤等复杂疾病的发生发展中发挥重要作用,而且通常在疾病的早期发生显著变化,早于基因的变异,因此常作为生物标记物用于疾病的早期诊断和预后检测。


(4)药物或生长调节物质等机理研究:药物和生长调节物质在生物体内发挥作用的过程中, DNA的甲基化水平会发生变化,并参与到其中,因此,对于DNA甲基化的研究有助于揭示药物的作用机理,为临床治疗提供靶点。

(1) 组织样品≥50mg


考虑到部分DNA甲基化具有组织、发育阶段、环境响应等特异性,除目标实验条件外,建议用于WGBS分析的样本尽量采自同一年龄、同一组织、同一部位的材料,并在同一天的相同时间段采样并记录。


(2)DNA样品


请提供总量≥10μg/样本,但可低至100ng/样本,浓度≥100ng/μL的DNA;


OD260/280介于1.8-2.0之间;


电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;


送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;


样品保存期间切忌反复冻融;


送样时请使用干冰运输。


注:为提高DNA提取和文库构建成功率,加速项目进展,建议您在条件允许情况下适当多送样;不同样品之间存在差异,详情请向烈冰咨询。


实验流程

数据分析流程

文献示例

(1)Wang, Z. et al. Decreased Methylation Level of H3K27me3 Increases Seizure Susceptibility.MolNeurobiol.2016 Nov :1-10. doi:10.1007/s12035-016-0197-4 (IF=6.19)

(2)Cheng, J. et al. SUMOylation of MeCP2 is essential for transcriptional repression and hippocampal synapse development. J. Neurochem. 2014 Mar;128(6):798-806.(IF=4.083)

(3)Liu H, et al. Integrative analysis of DNA methylation, mRNAs, and small RNAs during maize embryo dedifferentiation. BMC Plant Biol. 2017 Jun 15;17(1):105. (IF=3.964)

(4) Ma FF, et al. Hypermethylation of AKT2 gene is associated with neural-tube defects in fetus. Placenta.2016 Dec;48:80-86. (IF=2.972)

(5) Xibi Fang, Zhihui Zhao, Haibin Yu, Guangpeng Li, Ping Jiang, Yuwei Yang,Runjun Yang, Xianzhong Yu.Comparative genome-wide methylationanalysis of longissimus dorsi musclesbetween Japanese black (Wagyu) and ChineseRed Steppes cattle.PloS ONE. 2017 Aug;12(8):e0182492(IF=2.806)