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为什么使用16S rDNA测序?

16S rDNA是原核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列,承担着许多重要的生物学功能。其具有9个高变区域(V1-V9)和10个保守区域,保守区反映细菌种属间亲缘关系,而高变区则反映了物种间的特异性。因此通过分析16S rDNA 可变区的序列即可得到各细菌的分类学特征,结合高通量测序可研究环境或者临床样本中的微生物组成及群落功能。

为什么选择烈冰科技?

  • 更多的Reads数:烈冰科技深度优化的16S宏基因组测序服务,所测Reads数达100000条。同成本下相较于Miseq,能检测更多的测序序列和稀有微生物;
  • 更高的数据质量:新一代HiQ,优于Q30级别的完美数据质量。具有更大的反应体系、更长的碱基读长以及高保真度的碱基识别能力,有效提高了数据质量;
  • 更高的检测灵敏度:均一的覆盖度,高检测灵敏度,以及更高的检测通量,相较于PGM,更多的微生物物种被准确鉴定;
  • 更广的覆盖范围:可覆盖更广的可变区,大幅提升后续对序列进行物种注释时的准确度和灵敏度,更加真实地反映环境和人体微生物组的物种组成。

(1)确定细菌的群落组成和丰度


(2)比较不同样本的群落差异


(3)物种共富集分析


(4)构建系统发育树



(1)医学:采用粪便,血液,口腔等样本对疾病发生的微生物学机制进行研究


(2)环境:对空气样本进行研究,寻找空气微生物与疾病、作物等之间的关联性


(3)植物作物:对植物内生菌进行研究,寻找植物内生菌与植物生长,营养价值等相关的菌种


(4)畜牧:采用粪便,血液,口腔等样本对畜牧种的种类优势和疾病发生进行研究

(1)DNA样品


浓度≥50ng/μL,体积≥60μL;


OD260/280介于1.8-2.0之间;


电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;


送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;


样品保存期间切忌反复冻融;


送样时请使用干冰运输。

(2)环境样本(如土壤、植物根系、海水、肠道等),并详细描述如土壤(硬度较大,接近石块、取自河边,松软)。


组织样品提取DNA要注明是内生菌还是外生菌。


取样详见Appendix。


实验流程

数据分析流程

文献示例